Masjid Ibnu Sina SMAN 21 Jakarta berfungsi sebagai pusat kegiatan keagamaan di sekolah. Masjid ini digunakan untuk shalat berjamaah, kajian rutin, hingga pembinaan rohani yang melibatkan seluruh warga sekolah.
Selain tempat ibadah, masjid juga menjadi wadah pembentukan karakter. Melalui berbagai program, siswa dilatih untuk memiliki disiplin, akhlak mulia, serta kepedulian terhadap sesama.
Kehadiran Masjid Ibnu Sina menambah suasana religius di lingkungan sekolah. Hal ini sejalan dengan visi SMAN 21 Jakarta dalam mencetak generasi yang berprestasi sekaligus berlandaskan nilai moral dan spiritual yang kuat.